現在的水質檢測主要由現代化的儀器設備去完成，對比傳統的人工檢測而言，無論是檢測精度、效率、準確度都得到了極大的提高。水質檢測使用的先進的儀器設備，包括液相色譜串聯三重四級桿質譜儀、氣相色譜質譜連用儀、電感耦合等離子質譜儀、離子色譜儀、連續流動分析儀等。
通過人工采樣—現場檢測—實驗室檢測手段，從源頭到龍頭實施的全過程、全指標水質監測。廣州水質檢測中心需要每月一次對全市4大飲用水水源地監測原水29項指標，每年不少于一次監測原水109項指標；
管網是城市輸配水的重要環節，確保管網水中的各項水質指標符合國家標準尤為重要，而管網采樣點一般設在馬路邊、綠化帶、居民小區等露天的區域，為了保證送往實驗室檢測的水樣準確性，真實反映水質情況，采樣員不管高溫烈日、寒冬臘月都會不折不扣執行管網水采樣標準化操作步驟：放水5分鐘—龍頭消毒—儀器自檢—檢測余氯、濁度等指標—填寫原始記錄—冷藏保存水樣，然后送往實驗室進行其他項目的檢測。
除此之外，檢測中心也開展涉水產品的質量抽查，抽查包括廣州市供水企業使用的混凝劑生產廠，抽查混凝劑生產所需的主要原材料的進貨和使用情況、水處理劑生產廠的生產管理和質量控制情況及水處理劑產品質量，同時對廣州市供水企業使用的次氯酸鈉及聚丙烯酰胺進行質量抽查，為全市供水行業水處理劑質量把關。
作為保障全市供水安全的另一種手段，在去年，新建立的移動應急監測平臺正式啟用，目前具備揮發性有機物、揮發酚、重金屬等84項指標快速檢測能力，形成了移動監測平臺——后臺24小時監控——應急指揮中心三級聯動，確保應急事件及時響應，快速處置突發水污染事件，有效保障全市供水安全。